También criticó que el presidente estuviera buscando su reelección en 2006 cuando en campaña se había mostrado contrario a esta.
Durante esta época también sostuvo varias polémicas con periodistas como Daniel Coronell, Mauricio Vargas y Roberto Posada García-Peña a quienes denunció penalmente por las afirmaciones que sobre él vertían en sus columnas de opinión.
[3] Dirigía y financiaba la revista "La Otra Verdad"[4] en las que con un equipo periodístico realizaba denuncias de corrupción que llegaron a enfrentarlo con poderosos asesores del gobierno Uribe como José Roberto Arango, quien tuvo que renunciar por denuncias hechas por la revista relacionadas con un contrato de una empresa de su familia para la fabricación de toallas para las fuerzas militares, por este caso también tuvo que renunciar el vicefiscal general de la nación.
Igualmente era crítico del asesor Fabio Echeverri Correa, de quien Moreno dijo era una persona dañina para el Gobierno a la vez que cuestionó su ética.
[11][12] El también exsenador, exalcalde de Bogotá y actual presidente electo, Gustavo Petro, en varias oportunidades ha manifestado sus dudas sobre este accidente y el trasfondo del mismo.