En Paraná abre el colegio «Sud América» del que fue director durante un breve período y en 1872 comenzó a dictar cátedras de Historia general, Filosofía y Ciencias naturales en la Escuela Normal.
[1] Además, muchas de las piezas que recolectó fueron empleadas por Florentino Ameghino en sus estudios sobre la fauna fósil del Paraná.
El material se trasladó al Museo de Ciencias Naturales y Antropológicas Antonio Serrano.
Más adelante, en Buenos Aires, reorganizó el Museo Escolar Sarmiento donando nuevamente parte de sus colecciones y fundó la Asociación Nacional del Profesorado.
El museo ya contaba con numerosos elementos del naturalista, por lo que con esta donación más la incorporación de otras obras que se encuentran en la Universidad Autónoma de Entre Ríos (Uader), la colección relacionada con Scalabrini en esta institución se convierte en la más extensa y completa.