Posteriormente, se mudó a Guadalajara donde continuó sus estudios en el Seminario Conciliar.
Por esos mismos años, estuvo a las órdenes del general Cruz, capitán general de la provincia de Guadalajara.
Al consumarse en 1821 la independencia, Vélez comienza su carrera política.
En 1822 se le nombra vocal secretario de la Diputación Provincial y figura como diputado en el Congreso Constituyente de Jalisco entre 1823 y 1824.
El mismo día quedó integrada una junta de gobierno con Vélez, Lucas Alamán y Luis Quintanar, que estuvo en funciones hasta el 31 de diciembre del mismo año, cuando entregó el poder ejecutivo federal a Anastasio Bustamante.