La transferencia no se pudo hacer hasta 1544 por la oposición de Pastrana, que tenía grandes beneficios del cargo.
[1][2] Pastrana regresó a la corte de Carlos I para permaneces como capellán, disfrutando del beneficio que le quedaba.
Sin embargo si acompañó al príncipe en sus viajes por España, documentadas concretamente en Madrid y Monzón.
[1][2] Su producción musical, esencialmente religiosa, se caracteriza por una refinada polifonía y por su capacidad de renovación.
Destacan especialmente sus magnificat, salmos y motetes a cuatro voces, entre otras composiciones.