Lijnders comenzó su carrera técnica en 2002 con el PSV, ayudando con el entrenamiento juvenil y el desarrollo individual de los jugadores.
En 2006, se mudó a Oporto y ayudó a desarrollar su academia juvenil, trabajando bajo la dirección de Vítor Frade y Luís Castro.
Durante su paso por el club trabajó a las órdenes de Jesualdo Ferreira, André Villas-Boas, Vítor Pereira y Paulo Fonseca.
[1]En 2014, se mudó al Liverpool como entrenador de desarrollo con Brendan Rodgers y luego continuó con Jürgen Klopp como entrenador asistente, así como entrenador del primer equipo con el alemán.
[4] En junio de 2018, regresó al cuerpo técnico del Liverpool.