Jugaba de defensa y su último equipo fue el SC Olhanense.
Per Krøldrup, que actúa de defensa central, empezó su carrera futbolística en las categorías inferiores del Boldklubben af 1893.
En 1998 pasa a formar parte de la primera plantilla del club.
Tras un breve paso por el Everton FC (donde solo disputa un partido) se marcha a jugar en 2006 a su actual club, el AC Fiorentina.
Fue convocado para la Eurocopa de Portugal de 2004, aunque no llegó a disputar ningún encuentro en ese torneo.