En muchos países, la persecución religiosa ha generado tanta violencia que se considera un problema de derechos humanos.
Esta preocupación proporciona tanto a la religión dominante como al estado motivo para restringir la actividad religiosa.
James L. Gibson señala que, cuanto mayores sean las actitudes de lealtad y solidaridad hacia la identidad grupal y cuanto más se perciban los beneficios de pertenecer a dicho grupo, es más probable que esa identidad social se vuelva intolerante ante desafíos.
Perez Zagorin escribe: «Según algunos filósofos, la tolerancia es una virtud moral; si este es el caso, se seguiría que la intolerancia es un vicio.
En las antiguas sociedades de Egipto, Grecia y Roma, la tortura era un aspecto aceptado del sistema legal.
En cuanto a la proporción de población mundial, los cristianos representaban en ese momento el 31%, los musulmanes el 24% y los judíos el 0,2%.
Según un informe de 2019, las restricciones gubernamentales y las hostilidades sociales hacia la religión habían aumentado en 187 países.
Un ejemplo de esto ocurre cuando las poblaciones en conflicto, que pertenecen a diferentes grupos étnicos, también profesan religiones o denominaciones distintas.
Desde el período moderno temprano, un número creciente de limpiezas religiosas se entrelazaron con elementos étnicos.
Aunque un desacuerdo público sobre asuntos secundarios podría ser lo suficientemente serio, con frecuencia solo ha llevado a la discriminación religiosa.
En 1570, el papa Pío V emitió la bula papal Regnans in Excelsis, que absolvió a los católicos de sus obligaciones hacia el gobierno.
Esto contrasta drásticamente con la imagen de la era isabelina como una edad dorada, pero en comparación con las persecuciones marianas anteriores hay una diferencia importante a considerar.
En realidad, el complot era una invención ficticia de Titus Oates y del político whig Lord Shaftesbury.
Hasta el siglo XVIII, algunos grupos fueron perseguidos casi universalmente por sus creencias religiosas, como los ateos, los judíos y los zoroastrianos.
Para el siglo VIII, el cristianismo había alcanzado una clara supremacía en Europa y las regiones vecinas, iniciándose un período de consolidación caracterizado por la persecución de herejes, paganos, judíos, musulmanes y diversos otros grupos religiosos.
Este principio fue llevado al extremo por los regímenes absolutistas, en particular por los reyes franceses Luis XIV y sus sucesores.
Bajo su gobierno, el catolicismo se convirtió en la única religión obligatoria permitida en Francia, lo que llevó a la emigración masiva de los hugonotes.
Fue Locke quien, en su Carta sobre la tolerancia, definió el Estado en términos puramente seculares: «La comunidad política me parece una sociedad de hombres constituida únicamente para procurar, preservar y promover sus propios intereses civiles.»Respecto a la iglesia, continuó: «Una iglesia, entonces, la considero como una sociedad voluntaria de hombres que se unen entre sí por su propia voluntad.»Con este tratado, John Locke sentó una de las bases intelectuales más importantes para la separación entre la Iglesia y el Estado, lo que finalmente llevó al establecimiento del Estado secular.
El llamado Call for Toleration marcó un punto de inflexión en el debate cristiano sobre persecución y tolerancia.
Jordan, The Development of Religious Toleration in England, 1558–1660 (cuatro volúmenes, publicados entre 1932 y 1940).
Otras introducciones más recientes a este período incluyen Persecution and Toleration in Protestant England, 1558–1689 (2000) de John Coffey y Charitable Hatred: Tolerance and Intolerance in England, 1500–1700 (2006) de Alexandra Walsham.
En el derecho civil moderno de Occidente, cualquier ciudadano puede unirse o abandonar una organización religiosa a voluntad.
En las sociedades occidentales, esto se da por sentado, pero en realidad, la separación legal entre Iglesia y Estado solo comenzó a surgir hace unos pocos siglos.
Algunas personas eran encarceladas y atadas a la pared en estas fosas, siendo liberadas solo después de su muerte.
Sin embargo, el libro fue destruido, el sínodo ruso insistió en que las obras de Lomonósov fueran quemadas y pidió su castigo.