Peter Pokorný empezó a jugar al fútbol con AS Trenčín de su ciudad natal,[1] antes de trasladarse a la academia del Red Bull Salzburgo austríaco.
[2] En 2018 fue traspasado al FC Liefering, equipo que mantiene un acuerdo de colaboración con el club propiedad de Red Bull GmbH.
Pölten de la segunda división austríaca,[3][4] aunque apareciendo únicamente en cuatro partidos.
[5] El 16 de junio de 2021 se hizo oficial su fichaje por la Real Sociedad B hasta 2024, siendo el primer refuerzo del club vasco tras su ascenso a Segunda División.
[6][7][8] Tras un año en el equipo fue cedido con una opción de compra al MOL Fehérvár F. C.[9] Esta no se hizo efectiva y el 9 de agosto de 2023 rescindió su contrato y fichó por el Śląsk Wrocław.