Waardenburg estudió medicina en la Universidad de Utrecht de 1904 a 1911; se capacitó en oftalmología y obtuvo su doctorado con una disertación sobre la base hereditaria de las características fisiológicas y patológicas del ojo en 1913.
[1] Fue pionero en la aplicación de la genética a la oftalmología.
En 1932 sugirió que el síndrome de Down podría ser la consecuencia de una aberración cromosómica, un hecho que fue confirmado 27 años después por Jérôme Lejeune y sus colegas.
[3][5] Waardenburg recibió la condecoración real Orden del León Holandés en 1957.
Fundó el premio Waardenburg al mérito especial en el campo de la genética médica en 1965.