En 1956, fundó el Centro de Investigación Operativa del MIT, que dirigió hasta 1968, y en el que se otorgó el primer doctorado en investigación operativa en Estados Unidos a John Little.
En 1946, recibió la Medal for Merit del Presidente de los Estados Unidos por su trabajo durante la guerra.
Philip Morse realizó muchas contribuciones al desarrollo de la investigación operativa.
Es también autor de los influyentes Queues, Inventories, and Maintenance y Library Effectiveness.
Entre sus contribuciones a la física están los libros de texto Quantum Mechanics (con Edward Condon), Methods of Theoretical Physics (con Herman Feshbach), Vibration and Sound, Theoretical Acoustics, y Thermal Physics.