El PhyloCode está asociado con la Sociedad Internacional para Nomenclatura Filogenética (ISPN por sus siglas en inglés).
[2] RegNum es una base de datos en línea asociada, para nombres filogenéticos.
[3] El PhyloCode propone regular la nomenclatura filogenética proporcionando reglas sobre cómo decidir qué asociaciones de nombres y definiciones se considerarán establecidas,[4] cuales de estos deben ser considerados homónimos[5] o sinónimos,[6] y cuál de un conjunto de sinónimos u homónimos se considerará aceptado (generalmente el que se registró primero; ver más abajo).
El PhyloCode sólo permite nombrar clados,[7] no grupos parafiléticos o polifiléticos, y sólo permite el uso de especímenes, especies, y apomorfías como especificadores.
Muchos de los participantes del taller, junto con varias otras personas que posteriormente se unieron al proyecto, sirvieron como grupo asesor.
Un segundo taller se llevó a cabo en la Universidad de Yale en julio de 2002, en el que se hicieron algunas modificaciones en las reglas y recomendaciones del PhyloCode.
[21] Siempre que fue posible, los redactores del PhyloCode utilizaron el borrador de BioCode como modelo, el cual intentó unificar el enfoque basado en rangos en un solo código.
[26][27] Sin embargo, muchas reglas del PhyloCode no tienen contrapartida en ningún código basado en rangos taxonómicos debido a diferencias fundamentales en los fundamentos de las definiciones de los sistemas alternativos.