Nace tras la creación por parte del gobierno español del Plan Estratégico Español para la Conservación y el Uso Racional de los Humedales en 1999 en el que se instaba a las comunidades autónomas a proteger y conservar los humedales españoles.
Este documento permitió a la Junta de Andalucía la redacción de su propio plan gestor.
El documento permite mediante la creación de equipos científicos multidisciplinares y la participación de administraciones y ciudadanos la investigación, conservación, seguimiento, uso y difusión de los humedales andaluces,[4] entendiendo éstos como unidades ecológicas funcionales que actúen como sistemas acuáticos o anfibios.
[5] Como finalidades últimas se establece que el Plan Andaluz de Humedales, tomado como plan gestor, debe permitir mediante el Comité Andaluz de Humedales la coordinación entre las administraciones en la conservación y recuperación de estos espacios, propiciar siempre que sea posible la entrada de todos y cada uno de ellos dentro de la red de espacios naturales bajo alguna figura de protección y la adaptación de los Planes Generales de Ordenación de los Recursos Naturales (PORN) y Planes Rectores de Uso y Gestión (PRUG) a las directrices dadas los expertos.
[6] Es asimismo plan piloto dentro de la Red de Espacios Naturales Protegidos de Andalucía que permitirá la redacción de documentos similares aplicados a otros ecosistemas tras ser observada su implantación y efectividad.