En todas las fases (incluyendo el ordenamiento de los perdedores para el repechaje) el ganador se define por puntos, diferencia de goles, goles marcados, goles de visitante y penales, en ese orden.
Todas las parejas de clásicos rivales juegan dos partidos (ida y vuelta).
Los ganadores clasifican a cuartos de final, mientras que los 4 mejores perdedores juegan el Repechaje.
El ganador de la final jugará la Copa Libertadores 2009 bajo la denominación Bolivia 3.
Si ya estuviera clasificado a la Copa Libertadores 2009 también clasificará a la Copa Sudamericana 2009, reordenándose el resto de los premios según el Reglamento General de Campeonato.