Durante las excavaciones realizadas para la construcción del actual Mercado Lanza se hallaron restos cerámicos, lo que hace suponer que, dada la cercanía con las viviendas del cacique Quirquinchu, los asentamientos prehispánicos y el río, la plaza y el lugar ocupado por la Basílica eran un espacio ritual aimara sobre el que se construyó el templo católico según era usanza en la época.
Como parte del Conjunto Conventual San Francisco, que llegó a ocupar 2 manzanos completos del sector, manzanos que incluían el seminario, lo que hoy es el Museo San Francisco y la Cripta del mismo, el Colegio San Francisco y otras dependencias de la orden.
Entre las más importantes podemos citar la demolición de parte del claustro cuyas primera y segunda Crujía (arquitectura) pasaron a formar parte del espacio público como parte del proyecto planificado desde 1916 para embovedar el río e implementar la Avenida Mariscal Santa Cruz.
La plaza, denominada hasta entonces San Francisco, fue remodelada en 2011, tras lo cual obtuvo su actual configuración .
[4][5] la remodelación de la actual Plaza mayor fue parte del Plan de Revitalización Urbana denominada revive el centro, que incluyó la construcción del Túnel Potosí y otras obras en espacios públicos aledaños como la calle Sagárnaga y la calle Evaristo Valle.