Acerca de Juan Rodríguez Cabrillo, durante muchos años el principal debate historiográfico se situó acerca de su origen, debatiéndose sobre su origen portugués o español.
No obstante, ya en 1973 Michael W. Mathes escribía lo siguiente: Del material aquí presentado se desprende que existen considerables dudas sobre la nacionalidad de Juan Rodríguez Cabrillo y, de hecho, hay muchos indicios de que no era portugués sino castellano.
El mero hecho de que sirviera a la Corona española durante más de dos décadas sin que se mencionara una sola vez en vida que era portugués debería bastar para desmentir a Herrera [...] Desgraciadamente, todavía no ha salido a la luz ninguna prueba nueva que apoye o refute de manera concluyente a Herrera.
Este proceso judicial, del que Cabrillo formó parte como testigo, permitió hallar “tres documentos en particular donde, en cinco ocasiones distintas, queda registrado el testimonio de Cabrillo diciendo que se llamaba Juan Rodríguez Cabrillo y que era natural de Palma de Micer Gilio”.
Mientras tanto, los documentos históricos que demuestran sus orígenes cordobeses permanecían archivados en España y Guatemala y los palmeños no supieron de la trayectoria de su coterráneo hasta 2015.