La sede de la YMCA en la Avenida Bolívar (Pueblo Libre) acogió los primeros partidos jugados en el país.
Durante los años 70, Dante Vargas y el Instituto Nacional de Recreación intentaron, sin éxito, promover el deporte.
La denominación División Superior se mantuvo hasta 2010 cuando empezó a llamar de la manera actual.
Recién en 2004 el canal CMD (hoy Movistar Deportes) empezó a cubrir los partidos y el campeonato adquirió mayor relevancia.
También otro logro sucedió cuando en agosto de 2005 el Club Túpac Amaru campeonó en el torneo internacional Copa Integración realizada en Guayaquil, Ecuador.
A partir de la temporada 2018, la Federación Peruana de Fútbol decidió reorganizar el fútbol sala en una nueva liga: Futsal Pro, que cuenta con dos divisiones Primera y Segunda y, para la segunda mitad del 2019, llegó a un acuerdo con TV Perú para la transmisión de los partidos.
El descenso se decidía en una tabla acumulada que sumaba los puntos del apertura y clausura.
En los playoffs, los cuatro participantes se enfrentaron por eliminación directa a partido único en dos llaves de semifinales (1.° vs.
En el pasado envió uno o dos representantes de manera continua desde 2002 a excepción de la temporada 2013 en la que la Zona Norte no se jugó y por lo tanto no hubo clubes peruanos en el torneo continental.
El campeón del torneo nacional se clasificó para dicho certamen.
Debido a la pandemia COVID-19, no se disputó la Copa CONMEBOL Libertadores Futsal 2020.
Durante el 2022 se disputó el torneo Pre-Libertadores para determinar al representante peruano a la Copa Libertadores de Futsal 2022 ya que debido a la pandemia, no se disputó el torneo de Primera División Futsal Pro en las temporadas 2020 y 2021.
Se muestra en negrita a los clubes aún activos en la Primera División.