La Prva HNL 1998/99, fue la octava temporada de la Primera División de Croacia.
El campeón fue el club Croacia Zagreb que consiguió su cuarto título consecutivo y quinto en total.
Para esta temporada el número de clubes se mantuvo en doce, el torneo se disputa en una primera fase con partidos de ida y regreso para un total de 22 partidos.
Posteriormente se jugó una ronda de playoffs con los seis primeros en disputa del campeón de la temporada y clasificación a copas internacionales y con los seis restantes para determinar un equipo descendido a la 2.
El equipo descendido la campaña anterior el NK Samobor fue sustituido para esta temporada por el equipo campeón de la 2.