La Prva HNL 1999/2000, fue la novena temporada de la Primera División de Croacia.
El campeón fue el club Dinamo Zagreb que consiguió su quinto título consecutivo y sexto en general.
Los doce clubes en competencia se agrupan en un único grupo en que se enfrentan tres veces a sus oponentes, con un total de 33 partidos jugados por club.
Descienden directamente los últimos dos clubes en la clasificación.
los dos equipos descendidos la campaña anterior el NK Zadar y el Mladost Suhopolje, fueron sustituidos para esta temporada por dos equipos de la 2.