La PrvaLiga de Eslovenia 1999-00 fue la novena edición de la máxima categoría del fútbol esloveno.
Inició el 1 de agosto de 1999 y finalizó el 20 de mayo de 2000.
El campeón fue el NK Maribor por cuarta vez consecutiva.
PJ = Partidos jugados; PG = Partidos ganados; PE = Partidos empatados; PP = Partidos perdidos; GF = Goles anotados; GC = Goles recibidos; Dif = Diferencia de goles; Pts = Puntos