Durante los últimos años de su episcopado, en la disputa del emperador Enrique IV con el papado, Embrico se puso del lado imperial y sólo temporalmente cedió ante el legado papal.
La lucha continuó bajo sus sucesores; cuatro antiobispos se establecieron en oposición a Sigfrido II (1077-96).
Bajo Siboto von Lechfeld (1227-1247) se establecieron por primera vez en Augsburgo los monasterios de las órdenes mendicantes recién fundadas .
De un estado de descontento, los ciudadanos pasaron a la violencia abierta bajo el obispo Hartmann von Dillingen (1248-1286), y arrancaron a los obispos muchas libertades y ventajas municipales.
Un ejemplo característico es la confirmación por el rey Rodolfo I de Alemania en la Dieta Imperial celebrada en Augsburgo (1276) del Stadtbuch , o registro municipal, que contenía las antiguas costumbres, los derechos episcopales y municipales, etc., especificados en detalle; en la misma ocasión Augsburgo fue reconocida como Ciudad Imperial Libre .
Nuevas disensiones entre el príncipe-obispo y la Ciudad Imperial Libre surgieron bajo Burkhard von Ellerbach (1373-1404), cuyo ascenso al trono estuvo marcado por graves discordias derivadas del derrocamiento del Patrizier, o gobierno aristocrático, y el ascenso del poder municipal de los artesanos o gremios.
Tras la muerte de Everardo II (1404-1413), en 1413 se produjo una disputa porque la ciudad de Augsburgo se negó a reconocer al obispo legítimo, Anselm von Nenningen (1413-1423), y puso en oposición a Friedrich von Grafeneek, que había sido presentado por el emperador Segismundo .
Este problema fue solucionado por el papa Martín V , que obligó a ambos obispos a dimitir y, por propia autoridad, los sustituyó por Peter von Schauenberg, canónigo de Bamberg y Würzburg (1423-1469).
Pedro fue dotado por el papa con facultades extraordinarias, nombrado cardenal y legado a latere para toda Alemania.
Obispo Friedrich von Zollern (1486-1505) Los prelados que le sucedieron llevaron a cabo la reforma de la diócesis con no menos solicitud y celo.
La Reforma acarreó un desastre para la diócesis de Augsburgo, que se extendía mucho más allá del territorio del Principado-Obispado de Augsburgo y sobre la que el obispo ejercía sólo autoridad espiritual.
Lutero, que fue convocado para reivindicarse en presencia del legado papal ante la Dieta Imperial en Augsburgo (1518), encontró en esta diócesis adeptos entusiastas tanto entre el clero secular como entre el regular, pero especialmente entre los carmelitas, en cuyo convento de Santa Ana vivía; también encontró el favor de los concejales de la ciudad, los burgueses y los comerciantes.
El obispo Christoph von Stadion (1517-1543) hizo todo lo que estuvo a su alcance para detener la propagación de las enseñanzas de entonces; Llamó a hombres eruditos al púlpito de la catedral, entre otros a Urbanus Rhegius , quien, sin embargo, pronto se pasó al bando de Martín Lutero; convocó un sínodo en Dillingen, en el que se prohibió leer los escritos de Lutero; promulgó en toda su diócesis la bula del Papa León X (1520) contra Lutero; prohibió a los carmelitas, que estaban difundiendo la nueva doctrina, predicar; advirtió a los magistrados de Augsburgo, Memmingen y otros lugares que no toleraran a los reformadores, y adoptó otras medidas similares.
Durante la Guerra de los Campesinos Alemanes, muchos monasterios, instituciones y castillos fueron destruidos.
El ayuntamiento, sin embargo, se opuso, llamó (1531) a los predicadores protestantes que habían sido expatriados, suprimió los servicios católicos en todas las iglesias excepto la catedral (1534), y en 1537 se unió a la Liga de Esmalcalda.
Bajo Otto Truchsess von Waldburg (1543-1573) se notaron los primeros signos de mejora en la actitud hacia los católicos.
Sin embargo, después de la victoria en Mühlberg (1547), las tropas imperiales marcharon contra Augsburgo y la ciudad se vio obligada a pedir clemencia, entregar doce piezas de artillería, pagar una multa, devolver a los católicos el mayor número de iglesias y reembolsar a la diócesis y al clero las propiedades confiscadas.
Esta obra fue llevada a cabo con mayor energía aún por el obispo Otto Truchsess, quien logró una fructífera contrarreforma.
Bajo Marquard II von Berg (1575-91) se fundó un internado pontificio (alumnatus) en Dillingen, los jesuitas establecieron colegios en Landsberg y, gracias a la generosidad de la familia Fugger, en Augsburgo (1580).
Enrique von Knöringen, nombrado obispo a la temprana edad de veintiocho años, se interesó especialmente por la universidad y el seminario de Dillingen, a los que enriqueció con muchas donaciones; convocó varios sínodos, convirtió a Wolfgang, duque de Neuburg, al catolicismo, y durante su largo episcopado (1598-1646) reconcilió muchas ciudades y parroquias protestantes con la Iglesia católica, siendo ayudado de manera particular por los jesuitas, para quienes fundó establecimientos en Neuburg, Memmingen y Kaufbeuren.
Hasta el socorro de la ciudad por las tropas imperiales (1635), los católicos se vieron en apuros y se vieron obligados a renunciar a todo lo que habían ganado mediante el Edicto de Restitución.
Lamentablemente, debido a la conducta desconsiderada de los comisionados designados por el ministro bávaro, Montgelas, se destruyeron innumerables tesoros artísticos, libros valiosos y documentos.