[16] Los representantes de estudiantes y de profesores se comprometieron públicamente a respetar la consulta, pero no fue así, lo que generó gran descontento entre ambos estamentos, sin contar con que el voto no fue nominal y público como debería ser.
La Ministra de Educación Aurora Vergara Figueroa, quien preside el Consejo Superior Universitario, se negó a firmar el acta de designación[17][18] por considerar que no reflejaba las discusiones y objeciones que tuvieron lugar con respecto al método de votación Cuenta de Borda y Método de Condorcet, ya que el gobierno se había comprometido a respetar la consulta universitaria[19]por lo tanto el acto administrativo nunca nació a la vida jurídica, pues nunca se ratificó y nunca quedó en firme esa designación.
Sin embargo, ante la falta de soluciones a la crisis y varios sucesos ocurridos en la segunda semana de abril, especialmente la irregular[38] y posiblemente ilegal[39] elección y posterior auto-posesión de José Ismael Peña Reyes como rector, la asamblea decidió continuar indefinidamente con la protesta[40] la cual se ha prolongado hasta la fecha.
El paquete de reformas previstas para posgrados, maestrías y doctorados que afectaba económicamente a las y los estudiantes, así como la situación en torno a la actividad irregular de la empresa ROTORR creada por la ex rectora Dolly Montoya Castaño, generaron un gran descontento.
[56] Como parte de la protesta y movilización, se organizaron diferentes eventos que no se reducen solamente al paro o cese de actividades académicas.
Hasta la fecha se desconoce el número total de "auto posesionados" por este acto.
[61] La ministra de educación Aurora Vergara Figueroa trasladó a la Procuraduría General de la Nación un derecho de petición interpuesto por el ciudadano Fabio Enrique Fajardo Tolosa[62] para investigar el proceso en que Ismael Peña fue designado como rector y debido a la polémica por su designación, su posesión oficial se aplazó[63][64] indefinidamente.
Por lo tanto, la auto posesión ante notaría es nula al no tener fundamento legal debido a la naturaleza del acto administrativo en que se fundamenta (sustracción de materia).
[100][101] Asimismo, varios estudiantes han solicitado mediante derecho de petición la información correspondiente a la votación para la designación del rector.
Este hecho dividió a la comunidad universitaria en dos grandes grupos, por una parte los que avalan tan cuestionable elección de Peña como rector, amparados en una interpretación leguleya de la autonomía universitaria liderados por el propio elegido José Ismael Peña Reyes y en cuyo bando estaría como personajes más conocidos el ex rector Ignacio Mantilla Prada,[104] el representante profesoral Diego Alejandro Torres Galindo,[105] la ex rector Dolly Montoya Castaño, un grupo de profesores[106][107] algunas universidades públicas[108] y privadas[109] la Procuraduría General de la Nación[110][111] y quienes sirvieron como testigos en la auto posesión por notaría del 3 de mayo de 2024.
[112] En el otro bando, aquellos que se oponente a dicha elección por considerarla antidemocrática, en contravía de la consulta universitaria, e inconstitucional se encuentran personajes de renombre como el abogado Leopoldo Alberto Munera Ruiz principal contrincante de José Ismael Peña Reyes y ganador de la consulta, la mayoría de lo profesores de la facultad de Derecho, Ciencias Políticas y Sociales como el jurista Rodrigo Uprimny Yepes,[113][114] el doctor Alberto Yepes Barreiro y se han sumado otros como la profesora María Angelica Sánchez Álvarez, los diferentes demandantes como Cristian Estiban Dulcey Zamudio, Edna Carolina Camelo Salcedo, Diana Carolina Bareto Cardoso, Julieth Jesenia Jiménez Navarro, Verónica Mora Godoy, Erick Adrián Velasco Burbano, Diego Mauricio Chiguachi Salazar, Fabio Enrique Fajardo Tolosa, Johanna Castiblanco Puentes, Olmo Jesús Sierra Moreno, Pedro Agustín Pérez Torres, varios colectivos, SINTRAUNAL, SINTRAUNICOL las diferentes sedes como Tumaco, Amazonía, Palmira, representantes estudiantiles, diferentes profesoras y profesores,[115] el Departamento Nacional de Planeación DNP[116] el Ministerio de Educación[117][118] y un largo etcétera por lo que este grupo abarca la mayoría de la comunidad universitaria.
Cabe resaltar que la gran mayoría de los docentes que suscribieron ese documento, firman otros donde rechazan la elección de José Ismael Peña Reyes como rector.
Mientras tanto el nuevo rector elegido legal y legítimamente Leopoldo Alberto Munera Ruiz emite conforme a sus facultades actos administrativos de nombramiento,[170] propone alternativas a la comunidad universitaria para la terminación pacífica de la protesta,[171] pide cuentas a la administración saliente,[172] reafirma y ratifica la democracia universitaria como componente indiscutible de la autonomía universitaria[173] y funge como rector en plenas facultades.