[2] Un sitio es no-neutral si es ventajoso o perjudicial.
En una secuencia de ADN que codifica una proteína, un sitio es sinónimo si una mutación puntual en ese sitio no cambia el aminoácido, también conocida como mutación silenciosa.
Debido a que la mutación no resulta en un cambio en el aminoácido que fue codificado originalmente por la secuencia codificante, el fenotipo o el rasgo observable del organismo generalmente no cambia por la mutación silenciosa.
[4] Un sitio en una secuencia de ADN que codifica una proteína es no-sinónimo si una mutación puntual en ese sitio da como resultado un cambio en el aminoácido, provocando un cambio en el fenotipo del organismo.
[3] Generalmente, las mutaciones silenciosas en las regiones codificantes se utilizan como "control" en la prueba de McDonald-Kreitman.