Durante este último periodo escribió numerosas obras que no han llegado a nuestros días.
Rufo participó también en la campaña contra Yugurta de Numidia del año 109 a. C., junto con Cayo Mario.
En el año 92 a. C. los propios publicani lo acusaron de extorsión, cuando había hecho todo lo posible por evitarla.
La acusación era a todas luces falsa, pero en esos tiempos los jurados estaban compuestos por ciudadanos del orden ecuestre, y dado su enfrentamiento le condenaron.
Poseía amplios conocimientos sobre la guerra y escribió tratados sobre el tema, siendo algunos fragmentos de estos citados en el Digesto.