[2] La subespecie P. m. hypoxantha se conocía anteriormente como P. m. sordida y algunas veces fue tratada como una especie separada.
Sin embargo, por el principio de prioridad, el nombre más antiguo hypoxantha reemplazó a sordida.
La cotorra de Molina también ha sido tratada como coespecífica con Pyrrhura frontalis.
P. m. hypoxantha tiene una corona más pálida y escamas menos marcadas en el pecho que el nominado.
A pesar de que tiene un área de distribución bastante amplia, sus poblaciones están disminuyendo debido principalmente a la gran velocidad con la cual está desapareciendo su hábitat, y por el tráfico ilegal.