Nace en la Sierra de Pachuca, en los municipios de Omitlán de Juárez y Mineral del Chico, por los arroyos Bandola, General y Aguacate.
[2] A la altura de Tezahuapa, en el municipio de Atotonilco el Grande, el río Amajac toma este nombre, para continuar con dirección noroeste pasando por la localidad de Santa María Amajac.
Sirve como límite de los municipios de Atotonilco el Grande y Actopan;[2] para pasar al municipio de Metztitlán, pasando por las localidades de San Juan Tlatepexi, San Pedro Ayotoxtla y San Pablo Tetlapayac.
[2] Pasando al municipio de Eloxochitlán en la localidad de Itztacapa recibe las aguas del río Tolantongo;[3] cerca del poblado San Juan Amajaque recibe las aguas del río Metztitlán.
[2][6] Los principales afluentes del río Amajac por la margen izquierda se conocen como arroyo Bandola, río General, río Aguacate, río Ocotillos, arroyo El Chico y Magdalena, arroyo Gualulo, arroyo Milpitas, río San Nicolás, arroyo El Senthe, río Carrizal y el río Tolantongo;[2] Hacia la margen derecha, provenientes de la meseta de Huasca Zoquital, los arroyos intermitentes de La Luna y Xhate.