Sus principales afluentes son los ríos Little Aucilla y Wacissa.
En Florida forma el borde este del condado Jefferson separándolo del condado de Madison, en la parte norte, y del condado de Taylor, por el sur.
[1][2] La parte baja del río desaparece bajo tierra y reaparece varias veces, y esto es conocido como los hundimientos del río Aucilla.
Durante el primer período español en Florida, el río Aucilla fue el límite entre el pueblo apalachee y el pueblo yustaga (o Uzachile), de habla timucua.
[3] El nombre «Aucilla» se refiere a un antiguo pueblo de los timucua.