El río Bodoquero es uno de los más importantes ríos del municipio colombiano de Florencia en el departamento de Caquetá.
Sirve como límite natural entre los municipios de Florencia y Morelia.
El Río Bodoquero nace en la Cordillera Oriental al suroeste de la cabecera municipal de Florencia.
Sus aguas recorren el territorio en sentido noroeste a sureste, para finalmente desembocar en el río Orteguaza, cerca del municipio de Milán.
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