En la estación de lluvias, el Boteti descarga en los salares de Makgadikgadi,[1] dando vida a esa zona con la actividad estacional y la alta productividad biológica.
[4] En la estación seca, el Boteti es particularmente importante para proporcionar a la vida silvestre una zona para congregarse, ya que la mayoría de los estanques y drenajes estacionales están desprovistos de agua.
[5] El Boteti fluye hacia el sudeste[6] desde el pantano del río Thamalakane en Toteng, luego fluye hacia el noreste pasando por Tlkaseoulo, sobre las cataratas de Ghautsa, y luego fluye hacia el este pasando por los pueblos de Makalamabedi,[7] Muekekle, y Matima, y luego en Kwaraga, gira al sur pasando por los pueblos de Phukumakaku, Khumaga (Lekono), Sukwane, Rakops (Jakops), y Xhuma (Khomo).
[2] Luego pasa por el lago Xau (o en un año muy húmedo dentro y fuera del lago Xau) y luego se dirige al este pasando por la aldea de Mopipi (Madista) y hacia el Ntwetwe Pan.
[5][8] El desvío del río ha dejado a muchos residentes sin una fuente adecuada de agua dulce; además, ya no podían disfrutar de la pesca y otras actividades en el río.