El río Katún nace en la vertiente septentrional del macizo de Altái, en uno de los glaciares del monte Beluja (4.506 m).
El río discurre a través de estas montañas, predominantemente en dirección norte, virando luego (no muy lejos de la boca) hacia el oeste.
Cerca del importante centro industrial de Biysk (218.562 hab.
Los principales centros urbanos por los que atraviesa el río son Ust'-Koksa, Inja, Čemal, Majma, Gorno-Altaisk y Srostki.
El río Katún se congela desde diciembre a abril, en su curso alto, y de noviembre a abril en el curso inferior.