Se bifurca desde el bajo Usumacinta y fluye hacia el noreste, desembocando en un complejo de lagunas (Viejo, Santa Gertrudis y El Vapor) conectadas a la Laguna de Términos, una laguna costera del Golfo de México.
[1][2][3] La Palizada proporciona aproximadamente el 75% del aporte de agua dulce a la Laguna de Términos.
El caudal del río varía según las estaciones, generalmente es mayor durante octubre y noviembre y disminuye de diciembre a junio.
La Palizada es una fuente importante de nutrientes para los humedales y lagunas adyacentes.
A medida que se acerca a la Laguna de Términos, el agua dulce y salada se mezclan, sustentando los extensos manglares.