Sus principales afluentes son los ríos Fortuna y Burro.
El río está situado en una zona de alta precipitación, sin estación seca definida, con menos lluvia en marzo y abril.
En la parte media y baja de su cuenca se realizan diversas actividades agropecuarias.
Cercano a la turística ciudad de La Fortuna, posee secciones de rápidos donde se practica el balsismo, así como zonas navegables donde se realizan paseos en bote para observar el paisaje, la flora y la fauna de la región.
En 2014, la cadena internacional de noticias CNN destacó el tour nocturno en balsa por el río Peñas Blancas entre las 10 mejores aventuras nocturnas del mundo.