La Northern Rugby Football Union Championship de 1898-99 fue la cuarta temporada del torneo de rugby league más importante de Inglaterra.
El torneo fue dividido en dos campeonatos, el del condado de Lancashire[1] y el de Yorkshire,[2] cada uno determino su campeón, por lo tanto en esta temporada no hubo un campeón nacional, título que recién se recuperaría en la temporada 1901-02.