Salió de las categorías básicas de SC Corinthians, hizo su debut en el primer equipo el 16 de mayo de 2004, en el encuentro que SC Corinthians derrotó al Guaraní FC uno por cero.
Fue campeón del Torneo Brasileño de fútbol en el 2004, con el SC Corinthians.
En diciembre de 2008, Rafael Fefo recaló en Marilia AC.
En 2010 fue contratado por el Atlético Monte Azul.
En 2011, se trasladó a Carabobo FC, luego de jugar el primer semestre con el Red Bull Brasil paulista.