Rafa Núñez creció en Madrid, España.
Es un jugador formado en las categorías inferiores del Rayo Vallecano y en 2015, con 13 años ingresó en la cantera del Atlético de Madrid.
En el conjunto colchonero iría quemando etapas, hasta formar parte del Juvenil "A" en la temporada 2020-21.
El 10 de junio de 2021, aún en edad juvenil, el jugador dominicano es cedido al Atlético Ottawa de la Canadian Premier League, donde disputa 25 partidos.
[4] En la temporada 2024-25, forma parte de la primera plantilla del equipo ilicitano, donde juega 8 partidos a las órdenes de Eder Sarabia y anota un tanto.