En 1990, Rafael actuó en la película Crimen imposible y en 1991 en la telenovela La pícara soñadora.
En 1995, Rafael Velasco actuó en la película La revancha y en 1996 en la coproducción mexicana-estadounidense Solo.
En 1998 fue dirigido por el aclamado director Arturo Ripstein en la película El evangelio de las maravillas, donde actuó junto a Katy Jurado.
Rafael continuó actuando en cintas como El último profeta (1998), Rito terminal (2000) y El sueño del caimán (2001), cuya actuación le valió el premio a mejor actor en el Festival Internacional de Cine de Amiens en Francia.
Su último trabajo como actor fue en la película Zapata, el sueño del héroe, meses después de su estreno, Rafael murió de un ataque al corazón.