Fue asesor sobre terrorismo del primer ministro Menachem Begin y coordinador jefe entre el Shin Bet y el Mosad, cargo en el cual lideró en 1962 la operación que condujo a la captura de Adolf Eichmann en Buenos Aires en 1962.
Es en este cargo ganó su notoriedad por dirigir las operaciones de Jonathan Pollard, analista de la Marina estadounidense detenido en 1985 y encarcelado en Estados Unidos durante 30 años por espionaje para Israel.
[3] Bajo intensas críticas dentro y fuera de Israel, Eitan asumió su responsabilidad y presentó su dimisión respecto al asunto Jonathan Pollard, propiciando el fin de Lekem.
Rafi Eitan fue asesor del gobierno colombiano de Virgilio Barco (1986-1990),[4][5] a quien supuestamente le habría sugerido el acabar con la Unión Patriótica.
[6][7] Después de 1993, se convirtió en un hombre de negocios, observó actividades agrícolas a gran escala y realizó construcciones en Cuba.