Posteriormente sus padres se trasladaron a Tirana, ciudad donde pasó su infancia y cursó sus estudios.
Tras el fin de la Segunda Guerra Mundial, Alia retomó sus actividades en la Juventud Comunista y durante el primer congreso del PPSH, el antiguo Partido Comunista, celebrado en noviembre de 1948, fue elegido miembro del comité central y asignado al departamento de agitación y propaganda.
En 1949 fue nombrado presidente de las juventudes del partido, pero al año siguiente fue enviado a la URSS a estudiar teoría marxista-leninista, por lo que su actividad se vio interrumpida hasta su regreso a Albania en 1954: ocupó el cargo hasta el año siguiente.
Al morir Hoxha en 1985, le sucedió como secretario general del PPSH, por lo que se convirtió en el máximo dirigente de Albania.
El arresto domiciliario se cambió por arresto formal en agosto de 1993 y Alia fue juzgado en abril de 1994, siendo hallado culpable de los cargos en su contra y permaneciendo en prisión hasta 1997, en que escapó durante la grave crisis económico-político-social que azotó al país, aprovechando que sus guardias desertaron.