En 1852 lideró la expedición que alcanzó por primera vez las cabeceras de las dos fuentes del río Rojo.
En esta expedición iba acompañado del que llegará a ser futuro yerno, George B. McClellan, luego un destacado general en la guerra civil americana En 1857, Marcy acompañó al Brigadier General Albert Sidney Johnston en la expedición contra los Mormones, en Utah.
Fue durante este período que el Capitán Marcy condujo a su tropa de forma segura, desde Utah a Nuevo México, en marcha forzada a través de las Montañas Rocosas en pleno invierno, durante el cual su tropa se quedó sin vituallas en las dos últimas semanas de su viaje, en muy duras condiciones meteorológicas.
Su The Prairie Traveler rápidamente se convirtió en una guía indispensable para miles de estadounidenses en su arduo camino a California, Oregón, Utah, y otros destinos del oeste, y fue un best-seller para el resto del siglo.
Army Counterinsurgency and Contingency Operations Doctrine 1860-1941, describió a The Prairie Traveler «quizás la obra más importante sobre expediciones a la frontera Oeste publicada bajo los auspicios del Departamento de Guerra».