Su estructura formaba un rectángulo con baluartes en las esquinas donde se podía poner los cañones para la defensa del mismo en caso de ataques piratas que frecuentaron constantemente durante todo el siglo XVIII.
Al servir como fortaleza del pueblo de Omoa hizo que a la par que se construía el fuerte, este sería modificado para servir una mejor protección contra piratas.
Al finalizar la construcción del fuerte de San Fernando, el recinto siguió siendo usado como el muelle principal del pueblo de Omoa y zona donde desembarcarían nuevas tropas.
Pero, aun cuando la amenaza de piratería había cesado llega la Guerra con Guatemala a mediados del siglo XIX, la cual daño severamente el recinto, siendo saqueado y destruyendo unas cantas de sus estructuras donde se guardaban las municiones.
Fue utilizado como cementerio para las tropas y prisioneros fallecidos durante algún combate o ejecución.