El colegio fue promovido por el Ayuntamiento de Mérida, el gobernador y capitán general de Yucatán y el obispo diocesano.
El benefactor fue el regidor y capitán Martín del Palomar, quien en 1611 legó 26 mil pesos en oro común y un predio al norte de la Catedral de Yucatán, lo que hoy abarca la Iglesia El Jesús - al ministerio de los jesuitas -, el actual parque donde se encuentra el "Monumento a la Madre", la Pinacoteca del Estado "Juan Gamboa Guzmán", el Congreso del Estado de Yucatán y aún el Teatro Peón Contreras.
Al salir de la iglesia, las salvas y chirimías volvieron a sonar, y los asistentes gritaron ¡Viva la Real Universidad!
A principios del siglo XVIII, la Universidad contó con un segundo colegio, el Seminario de San Pedro, también ubicado en Mérida, Yucatán, y un tercer colegio estancia, llamado de San José en la ciudad de Campeche, Yucatán.
Esto es similar a las costumbres de universidades con orígenes medievales como las universidades de Oxford y Cambridge, Inglaterra.