A partir de la tercera catarata y hasta la quinta, se situaría Makuria, con capital en Vieja Dongola.
Se han hallado algunos objetos en tumbas y elementos cerámicos con motivos en cruz, aunque no son suficientes para asegurar la cristianización del área.
Otros misioneros como Teodoro o Longinus estuvieron algunos años predicando también, y este último fue invitado a la corte de Alodia.
En 569-580 se produce la conversión de su rey y del pueblo no mucho después al monofisismo, al igual que su homólogo en Nobatia casi tres décadas antes, mientras que en Makuria continúa la ortodoxia melquita, instaurada por los misioneros enviados por Justiniano.
Juan de Éfeso describe precisamente como Longinus fue atacado en Makuria durante su viaje al sur.
El relato que describe la misión melquita habla de cómo este reino se había convertido a esta rama en torno al 570.
Por otro lado, se desconoce cómo afectó todo esto a la relación con el tercer reino.
Amr no quiso retirarse a pesar del gran nivel militar nubio y fue solo cuando lo sucedió Abdallah ibn Sa’d que se firmó la paz en el 645.
A su vez, para los historiadores árabes era un tratado con cierta ambigüedad, pues no integraba a Nubia dentro del Dar al-Islam (el territorio controlado por musulmanes) ni dentro del Dar al-Harb (el territorio que los musulmanes podían atacar libremente).
La versión de Al-Maqrizi no incluye un aspecto mencionado por Al-Baladhuri, según el cual los musulmanes entregaban otros recursos a cambio.
La ausencia de amenaza en la frontera norte permitió a los reinos nubios desarrollar una cultura propia durante cinco siglos al margen del mundo musulmán.
Si bien hubo un flujo casi constante de musulmanes, este no fue suficiente para afectar a esta cultura con tanta influencia copta y bizantina.
En 1173 conquistó Qasr Ibrim, donde capturó muchos prisioneros y convirtió la Iglesia de Santa María en una mezquita.
El fanatismo de la nueva dinastía se vio reflejada aquí, pues mataron 700 cerdos (muy consumidos por los nubios), quemaron la cruz y torturaron al obispo.
El rey David atacó Asuán en 1272, pero resultó en victoria mameluca, los cuales capturaron a varios oficiales y los ejecutaron en Egipto.
La influencia mameluca en Nubia se fortaleció cuando en 1275 el sobrino de David, Shekanda, acude a la corte de Baibars y le pide ayuda para derrocar a David II, que había sucedido al anterior.
Con el tiempo, empezaron a tener aspiraciones políticas y con el surgimiento de un líder, Abdullah Jamma (posiblemente una figura mítica según algunos autores), formarían una tribu unificada, los Abdullab, que hiciera frente a los gobernantes de Alodia.
[13] A finales del siglo XV, ya poco quedaba de los reinos nubios y por la gran influencia musulmana desde los conflictos con los Mamelucos, probablemente parte de la población se hubiera convertido a principios del XIV.