Ambos gobiernos mantienen una relación amistosa desde el siglo XIX.
Entre ambos países existen organismos como la Comisión Mixta de Drogas Colombia-El Salvador, la Comisión Mixta de Cooperación Técnica, Científica, Educativa, Cultural y Deportiva y el Mecanismo de Consulta y Coordinación Bilateral.
Ambos gobiernos establecieron relaciones diplomáticas en 1825, poco después de su independencia.
El 10 de marzo, Petro criticó nuevamente a Bukele, esta vez por una noticia de la cadena CNN sobre una supuesta tregua establecida entre funcionarios del presidente y las pandillas, ambos mandatarios comenzaron a discutir nuevamente en Twitter, por lo que Bukele tuiteó «¿No es su hijo el que hace pactos bajo la mesa y además por dinero?»,[8] refiriéndose a las controversias de Nicolás Petro acusado de posibles delitos relacionados al lavado de activos y beneficios.
[9] El 18 de abril del 2023, un colombiano aficionado del presidente Bukele fue detenido por supuestos vínculos con las pandillas, esto se debe a los tatuajes que tenía, dichas acciones fueron entonces críticas por algunos diputados de Colombia, posteriormente criticando a la guerra contra las pandillas que actualmente ocurre en El Salvador por dichas capturas arbitrarias, no obstante, luego de unas horas fue liberado, afirmando que la detención fue por razones migratorias.