Solo quedaba un pequeño número de musulmanes malayos étnicos Los grupos misioneros nacionales y extranjeros operan libremente.
La Constitución establece la libertad de religión , y el Gobierno generalmente respeta este derecho en la práctica.
El país está dividido en tres diócesis; Dili , Maliana y Baucau , todas los cuales están sujetos inmediatamente a la Santa Sede .
La Iglesia desempeñó un papel importante en la sociedad durante la ocupación indonesia de Timor Oriental .
La visita de 1989 del Papa Juan Pablo II a Timor Oriental expuso la situación del territorio ocupado a los medios mundiales y proporcionó un catalizador para que los activistas de la independencia busquen apoyo global.
Oficialmente neutral, el Vaticanodeseaba mantener buenas relaciones con Indonesia, la nación musulmana más grande del mundo.
Habló fervientemente contra los abusos en su sermón, evitando nombrar a las autoridades indonesias como responsables.
La nueva nación independiente declaró tres días de duelo nacional tras la muerte del papa Juan Pablo II en 2005.
Si una organización desea administrar escuelas privadas o proporcionar otros servicios comunitarios, es necesario registrarse en el Ministerio de Justicia .
Los líderes religiosos han denunciado incidentes en los que servidores públicos individuales han denegado el servicio a miembros de minorías religiosas, pero no consideran que se trate de un problema sistemático.
Los certificados civiles son la única opción que tienen las minorías religiosas para el reconocimiento gubernamental de matrimonios y nacimientos.
Los representantes de las comunidades católica, protestante y musulmana en Timor Oriental mantienen buenas relaciones entre sí