Con la bendición del presidente Idi Amin, los terroristas desvían el avión y sus rehenes al Aeropuerto de Entebbe en Uganda.
Mientras seguía negociando con los terroristas, que ahora contaban con siete personas, incluidos palestinos y dos alemanes, el ejército israelí preparó dos transportes Lockheed C-130 Hercules para la incursión.
Los comandos dirigidos por el General de Brigada Dan Shomron tuvo que enfrentarse a un gran destacamento militar ugandés armado y utilizó una artimaña para superar las defensas.
Una limusina Mercedes negra había sido llevada a bordo y se usó para engañar a los centinelas diciéndoles que era el automóvil oficial que el presidente Amin usó en una visita improvisada al aeropuerto.
Un cuarto rehén, Dora Bloch, que había sido llevado al Hospital Mulago en Kampala, fue asesinado por los ugandeses por orden de Idi Amín.