Asimismo se incluye en una zona especial de protección para las aves (ZEPAs) desde 1979.
[1] Entre la fauna presente destacan el paíño pechialbo (Pelagodroma marina hypoleuca), el águila pescadora (Pandion haliaetus haliaetus), el halcón de Eleonor (Falco eleonorae) y el halcón tagarote (Falco pelegrinoides pelegrinoides) junto a otras especies de avifauna; además de la musaraña canaria (Crocidura canariensis).
[1] Por otro lado alberga unos 100 taxones de invertebrados terrestres, siendo de especial importancia el endemismo Campyloneuropsis fulva, una chinche presente exclusivamente en el Roque del Este.
Destacan dos taxones endémicos de Lanzarote e islotes (Echium lancerottense y Spergularia fimbriata ssp.
interclusa), siete de Fuerteventura, Lanzarote e islotes (Caralluma burchardii, Nauplius intermedius, Helianthemum canariense, Lotus lancerottensis, Micromeria varia ssp.