Sá Pinto dio sus primeros pasos en su carrera en el FC Porto en la temporada 1984/1985, luego se trasladó al Salgueiros en 1987/1988, y en 1994/1995 fue comprado por el Sporting.
Posteriormente, jugó en el Standard de Lieja en Bélgica, donde terminó su carrera en 2007.
Luego, entrenó al Sporting como técnico principal, llevando al equipo a las semifinales de la Liga Europa y a la final de la Copa de Portugal en la temporada 2011–12.
Sá Pinto tuvo pasajes por diversos clubes como Al-Fateh (Arabia Saudita), Standard de Lieja (Bélgica), Legia Varsovia (Polonia), Braga (Portugal), Vasco da Gama (Brasil), Gaziantep (Turquía), Moreirense (Portugal) y Esteghlal (Irán), donde fue elegido entrenador del año en Irán en una votación popular.
Sá Pinto ganó el campeonato chipriota con el APOEL en 2023/24.