Él fue un ferviente defensor en toda su vida del presidente Félix Houphouët-Boigny, quien en 1990 lo nombró jefe del ejército después de un motín.
Tras la muerte de Houphouët-Boigny en 1993, Guéï se distanció del nuevo líder Henri Konan Bédié.
Aunque el golpe no fue dirigido por Guéï, el popular general se recomienda salir de su retiro al frente de la junta hasta las próximas elecciones.
En las elecciones de octubre de 2000, Guéï fue derrotado por Laurent Gbagbo del Frente Popular Marfileño, pero se negó a reconocer el resultado y se llevó una ola de protestas en las calles para que Gbagbo accediera al poder.
Guéï huyó a Gouessesso, cerca de la frontera con Liberia, pero seguía siendo una figura en la escena política.