La trama del juego se refiere a que el Japón feudal de la era Sengoku recibió un mecha gigante.
Nobunaga sobrevive, Kagerou derrota a Kurogane y reanuda su misión de acabar con la alianza anti-Oda.
Kagerou finalmente se entera de esto y lucha contra Kurogane en una batalla a muerte.
Nobunaga planea dominar el mundo y Kagerou finalmente usa Aleste para detenerlo de una vez por todas, atrapándolo en Honnō-ji.
El sistema de naves laterales se ha rediseñado por completo: el jugador siempre está acompañado por dos unidades indestructibles, que también disparan armas secundarias.
La capacidad de dar órdenes a las naves laterales ha sido reemplazada por una nueva arma secundaria que golpea en muchas direcciones diferentes.