Empezó a jugar al fútbol en un equipo de su ciudad natal, el Partizan de Tirana, cuando era muy joven.
Es por esto que, en 2005, Gërçaliu obtuvo la doble nacionalidad.
En Austria comenzó en las categorías inferiores del SK Sturm Graz hasta la temporada 2004-05 en la que debutó con el primer equipo jugando de defensa en la banda izquierda.
En 2006 se marchó a jugar al Red Bull Salzburg.
En la temporada 2008-09 se marchó a jugar al Red Bull Salzburg.