Como oficial ejecutivo del USS West Virginia (BB-48), sobrevivió el ataque en Pearl Harbor, y después fue agente en cargo de inteligencia en la flota personal del Pacífico, Chester W. Nimitz.
dirigió operaciones encubiertas de la nueva CIA, y George F. Kennan Escogió a Frank Wisner para ser su director.
Hillenkoetter expresó dudas de que la misma agencia podría ser eficaz en encubrir acciones e inteligencia.
Miembros del JCAE rumoreaba que la CIA podría ser tomada por sorpresa.
DCI Hillenkoetter convocó una reunión ad hoc para preparar estimaciones de probable comportamiento comunista en la península coreana; trabajó lo suficientemente bien para que su sucesor lo institucionalizara.
[5] Tras la invasión, la prensa sospechó de que la administración fue sorprendida por él, y se preguntaban si Hillenkoetter sería destituido.
Tras el testimonio, algunos Senadores dijeron en el Washington Post que Hillenkoetter les confundió cuándo explicaba que la CIA no predijo cuándo invadiría Corea del Norte, porque no era trabajo de la CIA analizar la inteligencia, para dárselo a los responsables políticos de alto rango.